בראש משרד זה יעמוד שר המשפטים – שופטים, והוא ייצג את האינטרסים של השופטים.

שופט הוא עובד מדינה, ולכן מייצג את האינטרסים של המדינה מבחינת משפט העבודה של השופטים. משכך, שופט נמצא בניגוד עניינים מובנה – מצד אחד עליו לעשות את עבודתו כראוי, ועל פי חוק, אך בגלל האופי המיוחד של עבודת השפיטה כפי שהיה קיים בעבר, ובגלל מספרם המצומצם יחסית של השופטים, נוצר מצב שבו לעיתים יש לתקן את סדרי הדין כך שהשופטים יוכלו למצות את מלוא יכולת העבודה שלהם ואת השכר אותו הם מקבלים, בראי תקציב משרד המשפטים – שופטים.

לדברים משנה תוקף, שעה שתקציב משרד המשפטים – שופטים צפוי להיות התקציב הגדול ביותר מבין כל משרדי המשפטים.